16S/ITS等擴增子測序

16S rRNA基因存在于所有細菌的基因組中,是細菌編碼rRNA相對應的DNA序列,其高度的保守性和特異性是細菌進化的“分子尺標”。16S rDNA測序是指對環境樣品中的16S rRNA基因高變區進行PCR擴增及高通量測序的一種技術,廣泛應用于樣本中微生物群落的快速鑒定。
在真核生物rDNA中,18S rDNA和28S rDNA轉錄間隔序列稱為ITS,位于18S和5.8S之間的為ITS1區,位于5.8S和28S之間的為ITS2區。18S、5.8S和28S的基因序列在大多數生物中趨于保守,物種間變化小,而轉錄間隔區ITS1和ITS2作為非轉錄區,在進化過程中承受的自然選擇壓力較小,能容忍更多的變異,在絕大多數的真核生物中表現出了極為廣泛的序列多態性,可用于真菌分類鑒定。

測序平臺與策略

采用Illumina測序平臺,PE250的測序策略

技術路線
生物信息分析流程及部分結果展示
 

生物信息分析流程

    屬水平優勢物種相對豐度組成柱狀圖                     PCoA分析         差異物種分析

                                                                                           

    CCA/RDA分析           Network相關性分析        疾病診斷模型構建

                                                                                                                                                            

 

應用領域

16S/ITS等擴增子測序即通過提取環境樣品中的DNA,選擇合適的通用引物擴增16S/ITS的目標區域(高變區),通過檢測目標區域的序列變異和豐度,以探究環境微生物的多樣性及群落組成差異。此產品目前已廣泛應用于以下領域:

1. 醫學領域:疾病與人體微生物間關系,如代謝類疾病、消化類疾病、自身免疫性疾病、腫瘤癌癥、神經類疾病及其他疾病等;

2. 畜牧領域:腸道、瘤胃等微生物群落與動物繁殖、生長發育、營養健康、免疫和疾病治療等的互作關系;

3. 農業領域:根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落等;

4. 環境領域:某一特定環境(霧霾、沙塵等污染環境,住宅、商場等生活環境)的微生物群落組成,有機肥發酵處理、污水治理、石油降解、水體及海洋環境等微生物群落分布和組成等;

5. 特殊極端環境:極端環境條件下的微生物類群研究。 

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